Het verhaal van de Friese zonnebootrace begint in de zomer van 2004, toen Bouwe de Boer als medewerker energiebeleid van de provincie Fryslân had bedacht dat wat in Australië met de World Solar Challenge op de weg gebeurde, in Fryslân ook op het water zou moeten kunnen.
Vervolgens heeft hij Andries van Weperen, organisator van bijzondere evenementen bij Noordplan, gevraagd een plan te ontwikkelen. Deze heeft op zijn beurt contact gezocht met Wubbo Ockels, en zo is in september 2004 door Noordplan en de TU Delft een eerste uitvoeringsplan gepresenteerd op een druk bezochte workshop in het provinciehuis.
Bij die gelegenheid is het enthousiast ontvangen idee verder opgeschaald tot het niveau van een volwaardige Elfstedentocht, waarna het provinciaal bestuur geld beschikbaar stelde voor het opstellen van een uitvoeringsplan. De Stichting Sinneboatrace Fryslân is opgericht en Nuon werd de eerste hoofdsponsor.
In 2006 is de eerste editie van Frisian Solar Challenge gehouden en daarna elke twee jaar. In 2014 was de vijfde keer.